總磷和總氮是判斷水質標準的重要指標。總氮是指水中有機氮、氨氮、亞硝酸鹽氮和硝酸鹽氮的總和。總氮含量的增加主要導致微生物、藻類等水生生物的大量繁殖，導致水體富營養化。總磷是指水樣經過消解，將各種形式的磷轉化為正磷酸鹽后測定的結果，以每升水樣中含磷的毫克數計。

總磷總氮測定儀采用鉬藍法。聚磷酸鹽和含磷化合物在高溫高壓的酸性條件下水解生成正磷酸根，過硫酸鈉進一步將其他穩定的含磷化合物氧化成正磷酸根。正磷酸根離子在含鉬酸鹽的強酸溶液中，生成的銻化合物被抗壞血酸還原為藍色磷鉬酸鹽。

在使用總磷總氮測定儀的過程中，由于各種因素的影響，測量結果往往不盡如人意，這些因素包括：

1、如果水中懸浮物過多，可用濾膜過濾后檢測。

2、如果樣品中有余氯，加入適量的硫代硫酸鈉溶液除去，用淀粉-碘化鉀試紙檢查余氯是否完全除去。若水樣渾濁或有色，可進行蒸餾法或絮凝沉淀法處理，參照國家環保標準HJ535-2009。

3、COD的測定：氯離子是主要干擾成分。儀器所用試劑具有抗氯干擾能力。選擇低量程測量COD也可以減少氯離子對測量結果的影響。

4、總磷的測定：如果水樣中砷含量大于2mg/L，會有干擾，可用硫代硫酸鈉去除。硫化物含量大于2mg/L有干擾，可在酸性條件下通入氮氣去除。六價鉻大于 50mg/L 有干擾，用亞硫酸鈉去除。大于1mg/L的亞硝酸鹽有干擾，用氧化消解和氨磺酸都可去除。鐵濃度為 20 mg/L 會使結果降低 5%；銅濃度高達 10 mg/L 沒有干擾；氟化物低于 70 mg/L不會產生干擾。

5、氨氮的測定：當水樣中含有懸浮物、余氯、硫化物和有機物時，會產生干擾。當含有此類物質時，應進行適當的處理，以消除對測量的干擾。

6、總氮的測定：氯離子濃度高于1.5g/L時有干擾。其他常見的陰離子和陽離子沒有干擾。氯離子可以用硫酸汞消除干擾。